狐之当主追查白莲教

为调查煽动民众、图谋向幕府谋反的可疑新兴宗教白莲教，狐之集团的当主石动律花（山本千寻）展开行动。就在调查途中，她遇见了因接受将军任务而现身的风魔忍者阿乔（宫原华音）。

共同敌人浮出水面

律花与阿乔等人所要面对的敌人相同，都是对德川家心怀怨恨、渴望复兴，并由服部半藏（凯恩·科斯吉）率领的伊贺忍者。彼此的使命与命运也因此交错。

忍者大战正式开幕

当BLACKFOX的世界与SHOGUN’S NINJA的世界交会，狐之集团、风魔忍者与伊贺忍者三方对峙，一场席卷忍界的忍者大战——NINJA WARS，就此拉开帷幕。